有關專家指出，我國長期以來只重視水產品加工的應用性研究，而忽視了基礎性研究，從而導致了水產品深加工理論基礎的缺乏，所以，首先要加強基礎性研究工作。
其次，水產品深加工質量體系要和國際接軌，要加強HACCP（一種國際上流行的水產品認證體系）的普及應用。農業部于1999年發布的《水產品加工質量管理規范》，就是以HACCP為基礎制定的。但我國目前上千家水產品出口企業中，只有1/4的企業產品質量達到HACCP法規的要求，多數企業都或多或少存在質量問題，在深加工上無法與國際接軌。
另外要進一步加強科技在水產品深加工中的比重，如生物工程和基因技術在水產加工領域的應用研究，如采用“高壓技術”和“柵欄技術”，研制不經高溫殺菌而能較長時間保存的色、香、味俱佳的水產加工品，如采用化學或物理方法相結合的新技術生產超細微粉末食品，“紙張食品”、和“氣體食品”。
專家還建議水產品深加工還要注意開拓其他領域，不要只專注于食品這一領域。比如在進行方便不產食品、風味水產食品、模擬水產品食品等開發的同時，還要注意保健水產食品、美容水產食品等醫藥生物領域產品的開發。另外，水產品深加工還要注意市場營銷，以完成深加工后的市場開發，比如要做到兼顧大眾和特型顧客，要做到質量和包裝的完美結合，要注意開發適應不同消費層次的產品等。