1.采用適宜的貯藏容器。蜂蜜是弱酸性液體，應采用非金屬容器，如缸、木桶、無毒塑料桶等進行貯藏。在蜂蜜產量較高的地區，可建立蜂蜜貯存池，也可用木桶或水缸存放，所有容器必須是不帶異味的。
貯蜜容器要清潔衛生，徹底洗凈擦干，貯藏蜂蜜不能過滿，特別是在運輸時要留出25%～30%的空檔，以防蜜汁發酵外溢或受熱振蕩時脹破容器，造成損失。蜂蜜要放在干燥、清潔、通風和無異味的室內，室溫保持在5～10℃。
2.分品種貯藏。我國各地蜂蜜種類不下，同一地區也有不同品種，如紫云英蜜、油菜花蜜、柑桔花蜜、荊條花蜜、棗花蜜等。每種蜜有各自的特色和風味，適合不同消費者的需要，因此分品種貯藏，以保持特色，防止混雜。
3.保持蜂蜜潔凈。蜂蜜中常含有花粉塊、蠟片、蜂翅、蜂尸，以及灰砂等。潔凈的辦法是將蜂蜜放在較高的大桶內，靜置于溫度較高、干燥的室內沉淀。沉淀所需時間視具體溫度而定，一般20℃時需3天，35℃時只需10小時，這時比重大的雜物就會下沉，純凈的蜂蜜浮在上層，即可撈出另行貯藏。
4.防止蜂蜜發酵。蜂蜜內常有酵母菌存在，不成熟的蜂蜜，含水量大，最適宜酵母菌的生長。因此，貯藏之前需加以處理。方法是將蜜盛入大口容器內，敞開放在干燥、通風、溫度在25℃以上的室內靜置數天，就可蒸發掉多余的水分，待完全成熟后再貯存。
5.防止蜂蜜吸濕吸味。據試驗，蜂蜜的吸濕力很強，即使是成熟蜜也會吸濕發酵，所以保存容器要密封并置于干燥、通風、室溫在5～10℃的室內。室內不可放置有強烈氣味的物品，以防蜂蜜吸收異味。
6.蜂蜜的結晶。結晶是蜂蜜的又一特征。結晶后的蜂蜜有利于貯藏和運輸，為加快結晶，可在蜜中拌入約0.5%的陳蜜，但供應市場的蜂蜜，必須保持外觀透明、流質狀態。對結晶和蜂蜜凍，可用雙層鍋架熱處理，處理時外層灌水，內層裝蜜，待溫度達70℃時，保持數分鐘，然后去火，靜置一天，就可撇去表面泡沫，裝入消過毒的玻璃瓶中，嚴密封蓋，即可防止結晶。