薯干的淀粉粒較大，組織疏松，吸濕性強，因此貯藏的地方要干燥，否則薯干容易吸濕發霉、生蟲。貯藏期間的溫度對薯干有很大的影響，溫度越高，持續越久，對品質的影響也就越大，薯干易變色、變味。經驗表明，溫度控制在20℃以下時，能長期保持其品質不劣變；超過30℃，薯干會失去原有光澤，白色減退；若貯藏時間長還會發生苦味。
薯干要做到安全貯藏，首先要提高入庫質量，嚴格控制薯干水分的安全標準。需要長期保存的薯干其水分含量必須降到11％以下。另外還要做到分等貯藏，品質好次混雜、水分不一是薯干在貯藏中生霉變質的主要原因之一。在貯藏期間，應注意通風排濕。雨季時節，倉庫的窗戶要緊閉，防止其受潮和霉爛變質，保持其良好品質。